नेपाल सरकार तथा प्रदेश सरकार अन्तर्गतका जिल्लास्थित कार्यालयहरूलाई रकम निकासा दिने, आन्तरिक लेखा परीक्षण गर्ने, विनियोजन, राजस्व तथा धरौटीको एकिकृत विवरण तयार गरी महालेखा नियन्त्रक कार्यालमा पेश गर्ने उद्देश्यले वि.सं. 2038 श्रावण 1 गते यस कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, स्याङ्गजाको स्थापना भएको हो।जिल्लामा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय स्थापना पूर्व मालपोत कार्यालयबाट निकासा दिने काम हुने गरेको थियो। तत्पश्चात केन्द्रिय निकायबाट ड्राफ्ट मार्फत रकम उपलब्ध गराउने व्यवस्था भएको थियो । कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयको स्थापना पश्चात चौमासिक निकासा र आ.व. 2051/052 देखि मासिक शोधभर्ना निकासा दिने प्रणालीको विकास भयो। वि.सं. 2067 श्रावण 1 देखि एकल खाता कोष प्रणालीको प्रयोगसँगै सूचना प्रविधि मार्फत कारोबार संचालन गर्न थालिएको थियो। हाल यस कार्यालयले गण्डकी प्रदेशले छुट्टै प्रदेश लेखा ईकाइ कार्यालयको स्थापना नगरेकोले प्रदेश लेखा ईकाइ कार्यालय, स्याङ्जाको काम समेत गर्दै आएको छ।